È stato uno dei personaggi più rappresentativi di Montemarciano, promotore di quel rinnovamento urbanistico che ha contraddistinto il paese a fine Ottocento; a lui è dedicata la via delle scuole e della locale casa di riposo, edifici simbolo del fervore edilizio di quegli anni.
Natio della vicina Montignano (frazione di Senigallia), frequentò le scuole elementari a Montemarciano, il liceo classico in Ancona, per poi laurearsi in ingegneria a Bologna. Divenne in breve tempo uno stimato imprenditore edile e ferroviario, e con la sua società di costruzioni si occupò di progetti urbanistici in varie metropoli italiane, come Roma e Napoli; era legato anche all’ambiente della finanza torinese.
Dopo molti anni di assenza da Montemarciano – anche se in realtà rimase sempre legato a Montemarciano, come testimoniato dai suoi consueti soggiorni estivi in questa terra – il Marotti, ormai affermato e ricco impresario, decise di farvi ritorno nel 1879, quando acquistò una casa nell’odierna via Falcinelli (allora “via di Mezzo”), per impiantare una sua fattoria, con stalle e magazzini; nello stesso anno inoltre, fece costruire una sontuosa villa in via S. Pietro, sfortunatamente distrutta dopo la seconda guerra mondiale (occupava l’area corrispondente oggi alla sede dell’AVIS). Continuò al contempo a mantenere la sua residenza a Roma, dove era proprietario di un elegante palazzo situato in prossimità del Quirinale, in via Nazionale (a Montemarciano, in molti hanno ricordato che l’ingegnere Marotti conosceva personalmente il re Umberto I).
Nel 1880 entrò a far parte del Consiglio Comunale cittadino e fu chiaro sin da subito come stesse imprimendo al piccolo Comune una svolta in direzione di una maggiore attenzione al generale decoro urbano, come testimoniato dal nuovo regolamento edilizio redatto nel 1885, il cui articolo 1 recitava quanto segue: «Tutti gli edifici posti all’interno di questo paese che non si trovano in istato di lodevole conservazione per ciò che concerne il decoro e la pulitezza delle parti esposte alla pubblica vista, dovranno essere restaurati e ripuliti, comprensivamente ai canali e tubi di conduttura a cura e spese dei proprietari nel termine di un anno dalla intimazione di ufficio».
Se già nel 1883 si era provveduto ad edificare il nuovo edificio scolastico di Montemarciano, nel 1886 il Marotti presentò il progetto, da lui ideato e disegnato, per la costruzione del teatro comunale, che venne inaugurato l’anno successivo e finanziato per buona parte da Giovambattista stesso. Durante lo stesso anno, favorì la costruzione del nuovo cimitero nella frazione degli Alberici – dove viene sepolto dopo la sua morte – in sostituzione del vecchio, mentre risale al 1890 l’edificazione dell’asilo infantile.
Nel 1892 fece costruire il nuovo convento degli Alberici e, in seguito, anche il porticato nell’edificio un tempo sede del “Caffè Concordia” (1896), all’inizio di via Falcinelli; dello stesso periodo fanno parte i raffinati affreschi che ornano le volte dell’ex palazzo delle carceri (1897), sempre in via Falcinelli, oltre alla torre dell’acquedotto comunale, edificata su iniziativa del Marotti sempre nel 1897, e alla facciata della settecentesca chiesa parrocchiale al centro del paese (1900). Il Marotti contribuì anche al miglioramento dei servizi idrici ed elettrici, portando a Montemarciano l’acqua potabile (1901) e l’illuminazione a gas acetilene (1908).
Morì a Roma nel 1908 ma fu sepolto qui a Montemarciano: ad omaggiare la sua memoria provvede il grandioso monumento funebre al santuario degli Alberici, opera dello scultore romano Carlo Novella, amico del Marotti, che ritrae quest’ultimo insieme ad alcuni operai intenti nella costruzione di un tratto ferroviario. Il suo ingente lascito testamentario aiutò a finanziare, tra i vari progetti, anche la costruzione di un Ricovero per anziani bisognosi, tuttora esistente.